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Matthias Ruete a étudié le droit à Marburg, Cologne, Berlin et Gießen et a obtenu son doctorat en 1984 à l’ Université de Gießen avec une thèse sur le droit d’ auteur, la propriété intellectuelle et les sociétés de gestion collective britanniques .
Il a rejoint la Commission européenne en 1986. Il y a occupé divers postes administratifs avant de prendre la direction de la direction générale de l’énergie et des transports (DG TREN) en 2006.
De 2014 à 2017, il a été directeur général de la direction générale des migrations et des affaires intérieures de la Commission européenne.
À partir de mars 2018, il était conseiller spécial au Secrétariat général de la Commission européenne chargé des questions stratégiques liées à l’ union de l’énergie, à l’ union de la sécurité, à la subsidiarité et à la proportionnalité.
À compter du 1er janvier 2019, il a été nommé par la direction générale de la mobilité et des transports de la Commission européenne comme l’un des onze coordinateurs européens des transports pour le système européen de contrôle et de sécurité ferroviaires (ERTMS) , dans lequel il succède au Belge Karel Vinck Pendant quatre ans.